Ecologie et bio-fonctionnement des sols

Les microorganismes du sol sont aujourd’hui reconnus comme étant un des facteurs clé dans l’évolution des sols. Ils répondent plus vite aux changements climatiques, aux pratiques culturales, (que le pH ou la matière organique.. ou les activités enzymatiques). Dans les sols équilibrés, l’activité́ biologique est maximale en surface et diminue avec la profondeur. Lorsqu’un sol est en voie d’érosion (perte des argiles, des humus et des liens) l’activité biologique de surface est égale à celle du fond du profil. Pour des sols recevant trop de pesticides (arboriculture, maraîchage), l’activité biologique de surface peut être inférieure à celle du fond. Comprendre le fonctionnement du sol permet d’agir favorablement sur son évolution en adaptant les techniques culturales. C’est la raison pour laquelle ces communautés peuvent servir de bio-indicateur.

Objectif :

L’objectif de la plateforme est de répondre aux questions de recherche des partenaires locaux, caribéens et étrangers concernant :

  • L’intensification écologique des sols
  • L’impact de pratiques culturales sur les microorganismes du sol et leurs fonctions
  • La participation à la mise au point de bio-indicateurs et la définition de référentiels

grâce à un outil analytique d’intérêt transversal : Analyse automatisée des acides gras phospholipidiques (PLFA) à l’aide du logiciel d’analyse MIDI Sherlock PLFA

Ce logiciel permet d’effectuer automatiquement des calculs complexes, notamment :

  • Réglage de la molarité de différents composés d'acides gras
  • Mise à l’échelle
  • Standard interne
  • Classement des résultats en fonction des types d’acides gras (par exemple, iso / ante-iso, oméga)
  • Classement des résultats en fonction des types microbiens (par exemple, bactéries à Gram positif, champignons)

Nous réalisons ainsi, en haut débit les analyses des PLFA sur des échantillons de sols. L'utilisation de cette technique est un moyen efficace de détecter rapidement si un traitement a affecté la partie fongique ou bactérienne de la communauté du sol. L'abondance relative de champignons et de bactéries, souvent appelée ratio champignons / bactéries, peut être calculée à partir des quantités de PLFA spécifiques à ces groupes respectifs (Frostegård et Bååth, 1996) et a été largement utilisée pour comparer les sols et les traitements.

PLFA

L'équipe 

Un Ingénieur d’études et une technicienne supérieure se chargent ensemble de l’intégration de projets et de la programmation annuelle des activités scientifiques et des accueils.

De même, elles assurent :

  • La gestion quotidienne de la plateforme (planification, achats, maintenance, suivi des stocks, gestion des échantillons)
  • La préparation et mise à jour des procédures
  • La réalisation des analyses
  • La formation et supervision des personnes accueillies au sein de la plateforme
  • La gestion budgétaire
  • Le suivi qualité et analyse/exploitation des résultats

En appui ponctuel : Trois techniciens s’occupent de la prise en charge des échantillons à leur arrivée du terrain (et leur élimination). Ils participent aussi à la maintenance des locaux et équipements.